Stuhlproben für Mikrobiom-Analysen .

Das OMNIgene®-GUT Kit OM-200 erfüllt alle Voraussetzungen für beste Probenqualität und ein realitätsnahes Mikrobiomprofil: Die Probennahme selbst ist einfach und sauber, perfekt für Eigenbeprobung durch Patienten oder Studienteilnehmer. Die Stuhlprobe wird im Röhrchen sofort homogenisiert, die Konservierungslösung stabilisiert die Nukleinsäuren sehr effektiv. Diese genetische Momentaufnahme der Mikrobiota bleibt auch ohne Kühlung während Lagerung und Transport längere Zeit erhalten.

Hard Facts .

Intuitive und benutzerfreundliche Probengewinnung
Minimierung von mikrobiellem Wachstum
Minimierung von DNA-Degradation
Stabilisierung der DNA bei Temperaturschwankungen (-20°C bis 50°C)
Sehr gute Signal-To-Noise Ratio in nachfolgenden Datenanalysen

Anwendungen .

Analyse des Darm-Mikrobioms

Zur Minimierung der Verfälschung des Darm-Mikrobioms ist eine perfekte Probenhomogenisierung und -stabilisierung notwendig. Aus den gewonnenen Proben können verschiedenste Mikroben zuverlässig über Downstream-Applikationen nachgewiesen werden.

Macklaim, J., Tayeb, M., Dillane, C., Fragel, C., & Cunningham, L. (2021). The need for stabilization: Short-term variation in microbiome profiles. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00070.pdf

Doukhanine, E., Bouevitch, A., Pozza, L., & Merino, C. (2014). OMNIgene®•GUT enables reliable collection of high quality fecal samples for gut microbiome studies. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00040.pdf

Doukhanine, E., Bouevitch, A., Brown, A., Gage LaVecchia, J., Merino, C., & Pozza, L. (2016). OMNIgene®•GUT stabilizes the microbiome profile at ambient temperature for 60 days and during transport. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00042.pdf

Brown, A., Lynch, D., Bouevitch, A., & Doukhanine, E. (2018). OMNIgene®•GUT provides easy self-collection and stabilization of liquid fecal samples for microbiome profiling. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00056.pdf

Tayeb, M., Macklaim, J., Colemeco, S., Fragel, C., Dillane, C., & Cunningham, L. (2020). Impact of fecal collection methods on sample homogenization and extraction reproducibility in gut microbiome profiling. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00064.pdf

16S rRNA-Sequenzierung

16S rRNA-Analysen ermöglichen die Detektion, Identifizierung und Charakterisierung der Mikroorganismen des Darmmikrobioms.

Anderson, E. L., Li, W., Klitgord, N., Highlander, S. K., Dayrit, M., Seguritan, V., Yooseph, S., Biggs, W., Venter, J. C., Nelson, K. E., & Jones, M. B. (2016). A robust ambient temperature collection and stabilization strategy: Enabling worldwide functional studies of the human microbiome. Scientific Reports, 6(1), 31731. https://doi.org/10.1038/srep31731

Choo, J. M., Leong, L. E., & Rogers, G. B. (2015). Sample storage conditions significantly influence faecal microbiome profiles. Scientific Reports, 5(1), 16350. https://doi.org/10.1038/srep16350

Einfluss des Darm-Mikrobioms auf die Gesundheit

Das humane Darm-Mikrobiom rückt immer mehr in den Fokus der Forschung. Es mehren sich die Hinweise, dass das Mikrobiom in vielen physiologischen, pharmakokinetischen und pathologischen Prozessen eine ausschlaggebende Rolle spielt.

Abrahamson, M., Hooker, E., Ajami, N. J., Petrosino, J. F., & Orwoll, E. S. (2017). Successful collection of stool samples for microbiome analyses from a large community-based population of elderly men. Contemporary Clinical Trials Communications, 7, 158–162. https://doi.org/10.1016/j.conctc.2017.07.002

OMNIgene GUT - OM-200 .

Produktübersicht .

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	OM-200
Abnahmestelle	Stuhl
Homogenisierung von Proben	✔
Mikrobielle Nukleinsäuren	DNA
Entnommene Probe pro Kit (Median)	520 ± 101 mg
Versand bei Umgebungstemperatur	✔
Kompatibel mit einer Vielzahl von Nukleinsäureextraktions- und -aufreinigungsverfahren	✔
Standardisiertes Format für die Verarbeitung mit hohem Durchsatz	✔
Anzahl der Extraktionen pro Kit (250 µL pro Extraktion)	8
DNA-Ausbeute pro Extraktion (Median)	12 ± 1.49 µg (12.56 µg)
DNA mit hohem Molekulargewicht	✔
Stabilität des Mikrobiomprofils bei Raumtemperatur	60 Tage
Geeignet für NGS-Downstream-Anwendungen	✔

Vorteile .

OMNIgene® GUT ist ein All-in-One-System zur einfachen Selbstsammlung von Stuhlproben für die Erstellung von Darmmikrobiom-Profilen für Forschungszwecke.

Verbesserte Compliance der Spender durch die intuitive und benutzerfreundliche Handhabung
Einfache Eigenprobennahme durch Patienten und Studienteilnehmer
Minimierung der durch mikrobielles Wachstum und DNA-Abbau verursachten Verzerrungen
Eliminierung der Notwendigkeit des Wiegens und der Aliquotierung mit einer volumetrischen Standardprobe
Die DNA bleibt im Probenröhrchen über 60 Tage stabil - keine Kühlkette erforderlich
Aufrechterhaltung der DNA-Integrität bei Schwankungen der Umgebungstemperatur (z. B. -20 °C bis 50 °C)
Sofortiges Homogenisieren und Stabilisieren der Probe bei der Entnahme
Röhrchenformat eignet sich für die manuelle oder automatisierte Verarbeitung
Qualitativ hochwertige DNA für 16S rRNA-Profiling, Shotgun Sequencing, qPCR, Arrays
Barcodierung für vollständige Rückverfolgbarkeit der Proben

Weitere Informationen .

Herstellerwebseite

Gebrauchsanweisung (engl.)

Stabilität .

OMNIgene-GUT-stabilisierte Proben wurden zu Beginn (T0) und nach 14- bzw. 60-tägiger Lagerung bei Raumtemperatur (23°C) extrahiert. Gepaarte nicht stabilisierte Proben wurden zu Beginn (T0, frisch) und nach 14 Tagen bei Raumtemperatur (23°C) oder nach 14 Tagen bei -80°C extrahiert. Die Ähnlichkeit der Proben bei Ausgangswert und nach Lagerung wurde anhand der Bray-Curtis-Distanzen bewertet.

Aus: Doukhanine, E., Bouevitch, A., Brown, A., Gage LaVecchia, J., Merino, C., & Pozza, L. (2016). OMNIgene®•GUT stabilizes the microbiome profile at ambient temperature for 60 days and during transport. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00042.pdf

Bray-Curtis-Abstandsdifferenz zwischen unstabilisierten (14 Tage bei 23°C), OMNIgene-GUT (60 Tage bei 23°C) und -80°C (14 Tage bei -80°C) Proben im Vergleich zu frischen Proben. Signifikante Unähnlichkeit wurde mit Mann-Whitney (**P≤0,001) bewertet.

Keine Verzerrung in der qPCR .

Die Kompatibilität der mit OMNIgene-GUT gesammelten Proben mit dem PowerFecal DNA Isolation Kit wurde geprüft. Eine frische Probe sowie eine OMNIgene-GUT-Probe wurden aus derselben fäkalen Sammelprobe von drei verschiedenen Spendern gesammelt. Die DNA wurde aus einem Aliquot jeder Probe extrahiert und die DNA-Performance durch 16S rRNA qPCR bestimmt.

Aus: Doukhanine, E., Bouevitch, A., Pozza, L., & Merino, C. (2014). OMNIgene®•GUT enables reliable collection of high quality fecal samples for gut microbiome studies. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00040.pdf

Realtime 16S rRNA PCR von fäkaler DNA, die von von 3 Spendern unter Verwendung von OMNIgene-GUT oder frischen Proben extrahiert wurden (∆∆Cq = 0,54). NTC – no-Template Kontrolle.

Kein Shift des Mikrobiomprofils währende der Lagerung .

OMNIgene-GUT Proben wurden 60 Tage lang bei Raumtemperatur gelagert und simulierten Transportbedingungen ausgesetzt: 3 Tage bei 50°C und mehrere Gefrier-Auftau-Zyklen mit Zwischenlagerung bei -20°C für 60 Tage. Zusätzlich wurden unstabilisierte Kontrollproben-Aliquots bei Raumtemperatur für 14 Tage und bei -80°C für 60 Tage aufbewahrt. Die Veränderungen des Mikrobiomprofils der Proben zu Beginn und nach der Lagerung wurden bewertet mittels Bray-Curtis-Dissimilaritätsanalyse.

Aus: Brown, A., Lynch, D., Bouevitch, A., & Doukhanine, E. (2018). OMNIgene®•GUT provides easy self-collection and stabilization of liquid fecal samples for microbiome profiling. DNA Genotek. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-WP-00056.pdf

Bray-Curtis-Dissimilarität von Stuhlproben, die mit OMNIgene-GUT von Spendern mit Dysbiose gesammelt und dann Lagerung und simulierten Versandbedingungen ausgesetzt waren. Die Dissimilarität wurde durch den Vergleich des mikrobiellen Profils der Probe zu Beginn der Untersuchung mit gepaarten Proben ermittelt. Ein signifikanter Unterschied im Mikrobiomprofil wurde bei unstabilisierten (blau) Proben beobachtet, die bei bei RT oder -80°C aufbewahrt wurden, im Vergleich zu OMNIgene-GUT (lila) stabilisierten Proben (*P≤0,05 bzw. ****P≤0,0005).

Realistischer Snapshot des Mikrobioms .

Die mit OMNIgene Kits gewonnen Proben sind von hervorragender Qualität. Die hohe Integrität der stabilisierten DNA ermöglicht eine sehr realistische Darstellung des Mikrobiom-Profils.

Aus: DNA Genotek. (n.d.). OMNIgene Devices. https://www.dnagenotek.com/ROW/pdf/PD-BR-00202.pdf

Quantifizierung der Auswirkungen von präanalytischen Faktoren: Mikrobiom-Profilunterschiede zwischen technischen Replikaten bei der Sequenzierung, der Extraktion, der Probenhomogenisierung, von 3 verschiedenen Kits im Vergleich. Analyse erfolgte im Hinblick auf Transport (Temperaturschwankungen zwischen -8°C und +23°C, unstabilisiert und OMNIgene) und Spender zu Spender (Kontrolle).

Hohe Stabilität des Mikrobiomprofils .

Während des Transports von der Probennahme zum verarbeitenden Labor sind die Proben in der Regel ungünstigen Bedingungen ausgesetzt. Um diese zu simulieren, wurden unstabilisierte und mit OMNIgene-GUT stabilisierte Proben drei Tage lang bei 50°C oder 37°C gelagert oder mehreren Gefrier-Auftau-Zyklen ausgesetzt.

DNA-Integrität von OMNIgene-GUT-Proben unter simulierten Transportbedingungen. OMNIgene-GUT Proben von einem repräsentativen Spender wurden 60 Tage lang bei 23°C (T60), 50°C für 3 Tage (50°C) oder 37°C für 3 Tage (37°C) gelagert; oder 6 Gefrier-Auftau-Zyklen (F/T) unterzogen. Unstabilisierte Proben desselben Spenders wurden 14 Tage bei 23°C (T14), 1 Tag bei 50°C (50°C) oder 3 Tage bei 37°C (37°C) oder bei 14 Tage bei -80°C (-80°C) gelagert.